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« La Russie ne peut pas être abordée avec un langage juridique ou politique, car la question russe est beaucoup plus dangereuse qu'il n'y paraît, et nous devons utiliser des moyens coloniaux et biologiques pour détruire les Slaves », a déclaré Adolf Hitler dans entretien avec le ministre roumain des Affaires étrangères Mihai Antonescu en 1941. Selon le plan général Ost mis au point par les nazis, seulement 14 millions de personnes sur l'ensemble de la population soviétique devaient rester dans la partie européenne de l'Union soviétique conquise par les Allemands pour servir les intérêts du nouveau régime. Les autres devaient soit être exterminées, soit expulsées de force vers la Sibérie.
Dans le cadre de l'instauration du « nouvel ordre », le territoire occupé de l'Union soviétique, transféré par la Wehrmacht aux autorités civiles, a été divisé en soi-disant Commissariats du Reich (Reichskommissariat). Les Allemands ont réussi à établir les Commissariats « Ukraine » et « Ostland » (les républiques baltes et la Biélorussie). Des Reichskommissariat « Caucase », « Turkestan », « Don-Volga » et « Moscovie » étaient prévus, mais sont restés au stade de projet en raison de la contre-offensive de l'Armée rouge.
Placés au sommet de la hiérarchie en matière de gestion des territoires occupés, les Allemands ne pouvaient cependant pas se passer de l'aide de collaborateurs sur le terrain. En conséquence, une soi-disant « nouvelle administration russe » a été créée : des « bourgmestres » sont apparus dans les villes et, dans les villages, des supérieurs « élus » parmi les habitants ont été nommés. Les autorités travaillant avec l'ennemi étaient chargées de surveiller l'approvisionnement en vivres de l'armée allemande en temps opportun, de maintenir l'ordre public, de combattre les partisans et les saboteurs, de maintenir les routes en bon état et de réaliser un travail de propagande parmi la population. « Plus tôt la domination judéo-bolchevique sera détruite, plus tôt viendra cet avenir heureux que nous avons déjà commencé à créer de nos propres mains », a écrit Konstantin Dolgonenkov, rédacteur en chef du journal collaborateur de Smolensk Nouvelle voie(anciennement membre de l'Union des écrivains de l'URSS).
Dès les premiers jours de la guerre, de grandes sociétés allemandes, par le biais de leurs succursales, les soi-disant « sociétés orientales », ont commencé à prendre le contrôle des entreprises industrielles soviétiques abandonnées. La plupart d'entre elles ont été adaptées en vue de la production d’équipements militaires, et du matériel et du personnel qualifié ont été importés du Troisième Reich. La population soviétique a été mobilisée pour des travaux forcés dans la construction et les travaux agricoles, l'extraction de tourbe, de charbon et de bois. En outre, environ 5 millions de citoyens soviétiques, les « Ostarbeiters », ont été envoyés en Allemagne comme main-d'œuvre.
Étant donné que la victoire rapide tant escomptée sur les bolcheviks n'a pas eu lieu et que la guerre s’est enlisée, les Allemands ont dû mener un travail plus flexible avec la population locale, pour les motiver à construire conjointement la « Nouvelle Europe ». Le 27 février 1942, une résolution a été publiée par le ministère des territoires occupés de l'Est sur l'abolition des fermes collectives (kolkhozes) et la transition progressive vers des fermes paysannes privées. Cette réforme a été présentée comme un « cadeau d'Adolf Hitler à la paysannerie russe », dont une partie honnissait effectivement le système soviétique d'agriculture collective. Cependant, en réalité, les parcelles attribuées pouvaient être tout aussi facilement confisquées en cas de non-respect des normes obligatoires d'approvisionnement en constante augmentation, et les paysans étaient soumis à de sévères répressions. Au moment de la retraite des territoires soviétiques, les Allemands ont cessé de se conformer à cette apparence de « légalité » et ont tout simplement réquisitionné de force le bétail et la nourriture dont ils avaient besoin.
Les premiers détachements policiers de collaborateurs locaux ont été créés au tout début de l'opération Barbarossa. À mesure que les pertes parmi les soldats allemands augmentaient sur les différents fronts et que l’activité de la résistance s'intensifiait à l'arrière, l'importance de ces détachements augmentait constamment. Bien armés et entraînés, ils étaient largement utilisés dans les expéditions punitives contre les partisans, la protection des principales installations militaires et de transport, ainsi que dans les batailles contre l'Armée rouge. En 1943, la plupart des unités militaires de collaborateurs soviétiques faisaient partie de la soi-disant « Armée de libération russe » du général Andrei Vlassov.
Les services de renseignement soviétiques faisaient tout ce qui était en leur pouvoir pour affaiblir moralement les unités militaires collaboratrices à l'aide de la propagande. Tout le monde n’allait pas servir les Allemands de son plein gré, beaucoup ayant dû faire un choix entre rendre service aux nazis ou mourir. En conséquence, ces combattants passaient souvent du côté des partisans. Après que le 13 septembre 1943, le 781e bataillon du Turkestan, composé principalement d'Ouzbeks, eut abattu tous ses officiers allemands et se fut rangé du côté de l'Armée rouge, Hitler a même voulu désarmer toutes les légions de l'Est et envoyer leurs membres dans des mines de charbon, mais a finalement abandonné cette idée. Par la suite, les Nazis se sont efforcés de les éloigner du front soviéto-allemand et de les utiliser contre les résistants des Balkans et les forces alliées débarquées en France.
La guerre de résistance est devenue un véritable casse-tête pour les autorités d'occupation allemandes. Plus d'un million de personnes ont combattu l'ennemi dans des unités partisanes pendant toute la durée de la guerre. Et si leur action visait au début à organiser le sabotage, de petites embuscades ou la liquidation des responsables et d'autres collaborateurs, à partir de 1942, les unités partisanes qui s’étaient considérablement renforcées et avaient acquis une expérience de combat, détruisaient des garnisons entières et bloquaient d'importants axes de transport. Le commandement uni était assuré par le Quartier général central du mouvement partisan, qui à son tour coordonnait ses actions avec les dirigeants de l'Armée rouge. En 1943, il organise les opérations à grande échelle « Guerre du rail » et « Concert » pour détruire les voies ferrées situées derrière les lignes ennemies, auxquelles participent plus de cent mille partisans.
Staline a appelé cette lutte populaire « notre deuxième front ». Parfois, des unités partisanes réussissaient à libérer une partie du territoire derrière les lignes ennemies et à y restaurer le pouvoir soviétique. Certains de ces territoires, appelés « territoires partisans », pourraient occuper des milliers de kilomètres carrés et dépasser la taille de certains États européens. À l'approche de l'Armée rouge, des détachements partisans s’intégraient dans ses rangs.
Pour les Allemands, l'activité anti-partisane est devenue l'une des tâches les plus importantes de la guerre. Contre les partisans, ils utilisaient des détachements de police collaborationnistes, des unités de la Wehrmacht et des SS, ainsi que des équipes spéciales de combattants expérimentés qui connaissaient bien leur tactique. L'utilisation de fausses unités partisanes était largement utilisée. Elles établissaient des contacts avec la population locale, révélant la localisation des vrais partisans, ou, pour les discréditer, se livraient à des vols, des viols et des meurtres. Ceux qui étaient proches des partisans ou les aidaient étaient brutalement punis. Dans les villages, leurs corps pendaient à des potences pendant des semaines avec interdiction de les en retirer. Le 22 mars 1943, pour se venger du meurtre de plusieurs soldats allemands, 149 habitants du village biélorusse de Khatyn ont été abattus et brûlés vifs.
La politique allemande d'extermination systématique des juifs, des Tsiganes, des communistes, des partisans et des résidents soviétiques, des éléments peu fiables et des opposants ouverts au nouveau régime dans les régions occupées de l'Union soviétique a causé la mort de plus de sept millions de civils. Quatre millions de personnes sont mortes de faim, de maladies infectieuses et de l'incapacité de recevoir des soins médicaux de base. Deux millions de citoyens soviétiques supplémentaires sont morts sur le territoire du IIIe Reich, où ils ont été envoyés pour participer au travail forcé.
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