Comme l'écrit le mémorialiste Ossip Prjetslavski, « lorsque dans une institution le choix d'une nomination dépendait d'un franc-maçon, et que l'un des candidats était également franc-maçon, alors, quelles que soient les circonstances conditionnant le choix, celui-ci penchait toujours en faveur du +frère+ ».

Elaguine fut toutefois déçu par le système de la Stricte observance templière et reçut, au début des années 1770, l'autorisation de la Grande loge d'Angleterre de constituer une union maçonnique en Russie. Au même moment, à Saint-Pétersbourg, le baron allemand Reichel fonda lui aussi une union maçonnique soumise au système suédois Zinnendorf. Si le système d'Elaguine était principalement axé sur la recherche mystique du secret maçonnique, de leur côté les disciples du système Zinnendorf aspiraient exclusivement à l'accomplissement de soi. Malgré la multitude de loges (au XVIIIee siècle, Moscou en comptait à elle seule 27), les francs-maçons russes étaient en réalité peu nombreux ; l'union d'Elaguine par exemple n'en regroupait que 400 environ. Cela entraîna la fusion des deux branches en 1776, ce qui ne marqua toutefois pas la fin des frictions.

Alors que Saint-Pétersbourg était le théâtre d'une lutte entre Elaguine et Reichel, dès la fin des années 1770, les loges moscovites commencèrent à prendre de l'ampleur. Un rôle important dans ce phénomène fut joué par l'homme d'État et éditeur Nikolaï Novikov, qui fit notamment partie de la délégation de francs-maçons russes au convent de Wilhelmsbad (1782), où la Russie avait été reconnue comme une province maçonnique à part entière.

Étaient ainsi imprimés des abécédaires, des manuels, ou encore de nombreux classiques occidentaux, à tel point qu'en 1788 c'est lui qui assurait l'édition de 40% de tous les livres et magazines de Russie. On y retrouvait par ailleurs de la littérature maçonnique, mais ce n'est pas cela qui attira l'attention du gouvernement. Celui-ci était en effet contrarié par le fait que les magazines de Novikov faisaient la lumière sur les événements militaires et révolutionnaires en Amérique du Nord. Ses publications furent alors transmises au métropolite de Moscou, Platon, qui n'y trouva finalement que six œuvres « nuisibles », et qui affirma même au sujet de Novikov : « Je prie Dieu pour que dans le monde entier les chrétiens soient tous comme Novikov ». Malgré cela, les persécutions perdurèrent et en 1791 l'imprimerie fut fermée. Novikov fit quant à lui l'objet d'une enquête après qu'une imprimerie secrète eut été découverte dans sa propriété. Un an plus tard, désigné criminel d'État, on le condamna à 15 ans d'emprisonnement. Les autres acteurs de la franc- maçonnerie du pays furent de leur côté forcés à l'exil.

La franc-maçonnerie fut de facto interdite en Russie à partir de cet événement. Néanmoins, 4 ans plus tard, le nouvel empereur, Paul Ier, gracia Novikov et ses collègues. L'éditeur passa néanmoins les dernières années de sa vie, jusqu'en 1818, dans son domaine d'Avdotino. Fait intéressant, en 1812, lorsque l'armée napoléonienne fit son entrée en Russie, cette propriété resta intacte, de nombreux officiers français étant francs-maçons. La même chose fut constatée dans la région de Moscou à Bolchie Vyaziomy, propriété des princes Golitsyne, francs-maçons connus en Europe : les murs furent ornés de représentations de pommes et d'acacias, célèbres symboles maçonniques.

Selon Ptchelov, il est possible de porter le même jugement sur la légendaire et prétendue affiliation de Pierre le Grand à la franc-maçonnerie : « Il n'y a aucun document, aucun témoignage à ce propos, et puis en soi, c'est totalement invraisemblable : les légendes parlent de l'adhésion du tsar au moment de la visite en Europe de la Grande Ambassade de Russie (Nom donné à la mission diplomatique organisée par Pierre le Grand en 1697-1698 afin de se rapprocher de l'Europe occidentale), soit avant l'établissement officiel de la franc-maçonnerie spéculative en 1717 ».

Nous pouvons donc dire, comme c'est souvent le cas dans l'histoire de la franc-maçonnerie, que la raison se heurte à différents mythes et mystères. Or, c'est précisément ce qui a attiré de riches et célèbres Russes dans les rangs de cette confrérie.